diff --git a/functest/test-merge.sh b/functest/test-merge.sh
index 44771058c..e626d686f 100755
--- a/functest/test-merge.sh
+++ b/functest/test-merge.sh
@@ -21,10 +21,10 @@ dvc add data/data
 
 ORIG_DATA=$(dvc_md5 data/data)
 
-dvc run ./code/code1.sh data/data data/data1
-dvc run ./code/code2.sh data/data1 data/data2
-dvc run ./code/code3.sh data/data2 data/data3
-dvc run ./code/code4.sh data/data3 data/data4
+dvc run -d code/code1.sh -d data/data -o data/data1 ./code/code1.sh data/data data/data1
+dvc run -d code/code2.sh -d data/data1 -o data/data2 ./code/code2.sh data/data1 data/data2
+dvc run -d code/code3.sh -d data/data2 -o data/data3 ./code/code3.sh data/data2 data/data3
+dvc run -d code/code4.sh -d data/data3 -o data/data4 ./code/code4.sh data/data3 data/data4
 
 dvc config Global.Target data/data4
 git commit -am 'Set Target'
diff --git a/functest/test-repro-code.sh b/functest/test-repro-code.sh
index 4984eeaad..19734d1ef 100755
--- a/functest/test-repro-code.sh
+++ b/functest/test-repro-code.sh
@@ -7,7 +7,7 @@ source common.sh
 dvc_create_repo
 
 dvc_info 'Copy foo into foo1'
-dvc run bash code/code.sh data/foo data/foo1
+dvc run -d code/code.sh -d data/foo -o data/foo1 bash code/code.sh data/foo data/foo1
 
 dvc_info 'Modify code'
 echo " " >> code/code.sh 
diff --git a/functest/tutorial_end_to_end.sh b/functest/tutorial_end_to_end.sh
index ab37dee4a..531be5f18 100755
--- a/functest/tutorial_end_to_end.sh
+++ b/functest/tutorial_end_to_end.sh
@@ -25,15 +25,15 @@ git commit -m 'Download code'
 dvc init
 wget -P data/ https://s3-us-west-2.amazonaws.com/dvc-share/so/10K/Posts.xml.tgz
 dvc add data/Posts.xml.tgz
-dvc run -d data/Posts.xml.tgz -o data/Posts.xml 'tar zxf data/Posts.xml.tgz -C data/'
+dvc run -d data/Posts.xml.tgz -o data/Posts.xml tar zxf data/Posts.xml.tgz -C data/
 
-dvc run -d code/xml_to_tsv.py -d data/Posts.xml -o data/Posts.tsv 'python code/xml_to_tsv.py data/Posts.xml data/Posts.tsv python'
-dvc run -d code/split_train_test.py -d data/Posts.tsv -o data/Posts-test.tsv 'python code/split_train_test.py data/Posts.tsv 0.33 20170426 data/Posts-train.tsv data/Posts-test.tsv'
-dvc run -d code/featurization.py -d data/Posts-train.tsv -d data/Posts-test.tsv -o data/matrix-train.p -o data/matrix-test.p 'python code/featurization.py data/Posts-train.tsv data/Posts-test.tsv data/matrix-train.p data/matrix-test.p'
+dvc run -d code/xml_to_tsv.py -d data/Posts.xml -o data/Posts.tsv python code/xml_to_tsv.py data/Posts.xml data/Posts.tsv python
+dvc run -d code/split_train_test.py -d data/Posts.tsv -o data/Posts-test.tsv python code/split_train_test.py data/Posts.tsv 0.33 20170426 data/Posts-train.tsv data/Posts-test.tsv
+dvc run -d code/featurization.py -d data/Posts-train.tsv -d data/Posts-test.tsv -o data/matrix-train.p -o data/matrix-test.p python code/featurization.py data/Posts-train.tsv data/Posts-test.tsv data/matrix-train.p data/matrix-test.p
 
-dvc run -d code/train_model.py -d data/matrix-train.p -o data/model.p 'python code/train_model.py data/matrix-train.p 20170426 data/model.p'
+dvc run -d code/train_model.py -d data/matrix-train.p -o data/model.p python code/train_model.py data/matrix-train.p 20170426 data/model.p
 
-dvc run -d code/evaluate.py -d data/model.p -d data/matrix-test.p -o data/evaluation.txt 'python code/evaluate.py data/model.p data/matrix-test.p data/evaluation.txt'
+dvc run -d code/evaluate.py -d data/model.p -d data/matrix-test.p -o data/evaluation.txt python code/evaluate.py data/model.p data/matrix-test.p data/evaluation.txt
 
 cat data/evaluation.txt
 # AUC: 0.552980